COVID-19

Figure 2: Credit: CDC

Background

According to the World Health Organization, the new Coronavirus Disease 19 (COVID-19) “is caused by the virus SARS-CoV-2. The most likely ecological reservoirs for SARS-CoV-2 are bats, but it is believed that the virus jumped the species barrier to humans from another intermediate animal host. This intermediate animal host could be a domestic food animal, a wild animal, or a domesticated wild animal which has not yet been identified.” This virus has a genome composed of RNA.

What is the difference between SARS-CoV-2 and COVID-19?

SARS-CoV-2 Sequence

Did you know that scientists have already obtained several complete genome sequences for SARS-CoV-2? One of the more recent submitted sequences is stored online at the NIH under the GenBank ID number: LC522972.1. The genome sequence is stored in a simple type of file called a FASTA file. Here’s what it looks like!

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Wait, why does this look like a DNA sequence and not an RNA sequence?

As reported in this answer, RNA is less stable than DNA and so we can obtain the complimentary DNA (cDNA) for the RNA sequence to preserve and analyze. The sequence we see in GenBank is the cDNA version of the SARS-CoV-2 genomic RNA.

The Speed of Information

The SARS-CoV-2 virus and the associated COVID-19 present a massive challenge to all of us. One way that scientists are combatting this disease is through rapid, collaborative analysis and global communication of their findings. What are some scientific questions you might want to know about this virus? How is the internet playing a role in this situation? What data do we need to make immediate and sustained positive impacts globally?

Take a moment and write down two questions you would want to ask scientists and world leaders. What are your concerns?

What are the most important barriers to protecting people from this virus and how can data help?